Giải bóng đá hạng Ba toàn quốc năm 2009 đã thu hút sự tham dự của tổng cộng 19 đội bóng đại diện cho các Tỉnh, Thành, Ngành trên cả nước. Căn cứ theo vị trí địa lý, 19 đội bóng dự giải được chia làm 4 bảng, cụ thể như sau:

• Bảng A (do Sở VH-TT-DL Nam Định làm bảng trưởng) gồm 4 đội: Megasta E & C (Nam Định), Thanh Hoá, Hoàng Anh Gia Lai và Yên Bái.
• Bảng B (do Sở VH-TT-DL Đà Nẵng là bảng trưởng) gồm 5 đội: Quân khu 4, Phú Yên, V&V Hà Nội, CLB SHB Đà Nẵng và Pha Đin Quảng Ngãi.
• Bảng C (do Sở VH-TT-DL Bà Rịa Vũng Tàu làm bảng trưởng) chỉ còn 6 đội tham dự là: DIC Bà Rịa – Vũng Tàu, Bến Tre, Kontum, Trẻ TDC Bình Dương, Bình Phước, Thành Thành Khánh Hoà.
• Bảng D (do Sở VH-TT-DL Kiên Giang làm bảng trưởng) gồm 4 đội: Đồng Tâm Long An, TĐCS Đồng Tháp, Cty TNHH Trần Liên Hưng Sóc Trăng, Trẻ Kiên Giang.

Theo điều lệ Giải, các đội sẽ thi đấu vòng tròn 1 lượt tại mỗi bảng chọn 4 đội dẫn đầu tại mỗi bảng vào thi đấu tại Bán kết. 2 đội giành chiến thắng tại vòng chung kết xếp đồng hạng nhất và giành quyền thi đấu tại giải hạng Nhì Quốc gia năm 2010.

Các trận đấu thuộc vòng loại sẽ diễn ra từ 24/10 đến 7/11/2009. Hai trận đấu thuộc vòng chung kết diễn ra vào ngày 17-19/11/2009.[4]